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IBM超级计算机筛选出77种抗病毒化合物成抗疫新力量

放大字体  缩小字体 2020-03-23 22:36:20  阅读:776 作者:责任编辑NO。杜一帆0322

在生死时速的抗疫比赛中,速度越快越好。

在这场抗疫比赛的背面,超级核算机成为了加快器。

据Venture beat 报导,IBM 参加了由美国政府主导建立的 COVID-19 高性能核算联盟(High Performance Computing ,HPC),协助研讨人员布置猜测模型,剖析新冠疫情的发展进程,加快推动病毒医治进程。

面临病毒(包含 COVID-19 病毒)这类重生化合物,研讨人员会在试验室中培育微生物并调查其对引进的重生化合物的反响,逐步缩小潜在变量的规模。不过,独自的变量或许包含着数百万乃至数十亿个数据需求模仿,仅依靠研讨人员的调查,将是个巨大的应战。

现在,全球正处于抗击疫情的非常时期。多个方面数据显现,全球新冠病例确诊已超 33 万人(到发稿),且海外多个国家正处疫情爆发期,确诊数量还在不断攀升。在这场抗疫比赛中,时刻是取胜的首要的要素。对病毒的了解多一点,对疫苗的研讨更近一步,新冠病毒的要挟就少一分。

IBM 研讨总监 Dario Gil 在博客中表明,在流行病学、生物信息学和分子建模的试验中需求很多核算,假如手动进行,试验需求数年才干完结;假如在速度较慢的传统核算渠道上操作也需求数月的时刻,而超级核算机高性能的核算体系可以快速处理这一核算问题。

据悉,IBM 此次参加 COVID-19 研讨的是 Summit 超级核算机,是现在世界上最强壮的超级核算机。它由 4608 台核算服务器组成,每个服务器包含 2 个 22 核 Power9 处理器,6 个Nvidia Volta V100 GPU。别的,Summit 还具有超越 10PB 的存储器,其核算才干最高可达 200PFlops。

在参加 COVID-19 高性能核算联盟之前,Summit 在新冠疫情研讨中就已取得了打破。美国橡树岭国家试验室(Oak Ridge National Laboratory)研讨人员表明其团队凭借 Summit 寻觅到可以对立 COVID-19 的最有用的现有药物。

经查询,其研讨成果已宣布至《ChemRxiv》 杂志,论文题为“Repurposing Therapeutics for COVID-19: Supercomputer-based Docking to the SARS-CoV-2 Viral Spike Protein and Viral Spike Protein-Human ACE2 Interface”。

在此项研讨中,研讨人员从 8000 多种化合物下手,凭借 Summit 的算法寻觅可以与蛋白质结兼并阻挠病毒发挥效果的药物。

开始成果显现,现在 Summit 已筛选出 77 种化合物可以与 Spike 蛋白结合,阻挠病毒外表的份子与人类细胞上的血管严重素转化酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2) 受体相连。

值得阐明的是,虽然 Summit 核算可以在病毒研讨方面发挥效果,但并不可以自行设计出一种医治办法,其临床剖析进程并不抱负,还需医疗组织对已筛选出的化合物进行评价、测验才干用于临床试验。

别的,Summit 辅佐研讨的办法仅是协助缓解 COVID-19 的症状并进步存活率,而非疫苗研发。不过,在 COVID-19 高性能核算联盟中,除了 IBM,还包含了 Google、微软、美国能源部、伦斯勒理工学院等其他公司以及学术组织;而这些组织的核算才干相同在病毒研讨中发挥着效果。

亚马逊 AWS 部分发动一项方案,为研讨组织和公司供给技术上的支撑,推动 COVID-19 在确诊、医治、疫苗等方面的研讨。相同,微软也表明将经过扩展对 Azure 和高性能核算才干的拜访,与科学家协作,为抗击 COVID-19 的研讨人员供给所需东西。

伦斯勒理工学院将其人工智能多处理优化体系核算机(AiMOS)布置在伦斯勒核算立异中心,该学院表明正与研讨组织触摸,支撑与 COVID-19 有关的研讨。

渐渐的变多的力气参加了抗疫竞速之中,面临新冠病毒这一全人类的一起敌人,多方合力,抗疫成效终会出现“1+1>2”。雷锋网雷锋网

参考资料:

1. https://chemrxiv.org/articles/Repurposing_Therapeutics_for_the_Wuhan_Coronavirus_nCov-2019_Supercomputer-based_Docking_to_the_Viral_S_Protein_and_Human_ACE2_Interface/11871402

2. https://venturebeat.com/2020/03/22/ibm-coronavirus-covid-19-supercomputing-consortium/

3. https:///extreme/307998-ibm-supercomputer-identifies-77-compounds-that-could-fight-coronavirus

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